Si tratta di una costruzione che ha subito profonde trasformazioni nel tempo: essa sorge sull’antica chiesa del duecento, riedificata nel 1421 e successivamente ampliata nel 1469, fino a definirsi come nuova e originalissima opera architettonica dove gli stili si fondono in una unità compositiva.  

La trasformazione radicale dell’edificio antico, che in parte si fonde con il nuovo, iniziò nel 1623 e terminò nel 1640 con la costruzione della stupefacente cupola ottagonale centrale che si appoggia lateralmente sulle murature d’ambito e sui quattro poderosi pilastri polilobati realizzati con pietra locale.

La grande cupola fu affrescata, come le navate, con architetture illusionistiche dal veneziano Giovan Battista Lambranzi nel 1681 e da Ottaviano Viviani. I numerosi altari si contraddistinguono per la maestosità: furono utilizzati per la loro realizzazione marmi selezionati e preziosi.

L’altare maggiore è dominato dalla superba ancona marmorea con colonne tortili dei Fantoni e dalle impressionanti casse intagliate dei due organi che decorano le pareti laterali del presbiterio, opera di Andrea Fantoni e Ignazio Hillepront. Le splendide balaustre di bronzo del 1590, il fastoso e ampio coro intagliato con medaglie in legno di bosso e la coppia di scranni cinquecenteschi per il Prevosto e il Vicario Titolato completano il presbiterio. L’altare maggiore, volutamente sobrio, viene ricoperto sei volte l’anno con una stupenda copertura in argento sbalzato, cesellato e dorato, normalmente conservata nel vicino Museo.

Nella chiesa è anche conservato il più importante ciclo pittorico a carattere religioso di Giacomo Ceruti, detto “il Pitocchetto”, costituito da 36 tele ed affreschi.

La superba pala del pesarese Simone Cantarini, collocata ad un altare laterale, raffigurante La Santissima Trinità che incorona la Vergine è certamente una delle più alte espressioni pittoriche presenti in chiesa.

Vi sono inoltre opere di pittori importanti quali il fiorentino Vincenzo Dandini, il napoletano Pietro Mango, Gian Giacomo Barbello, Antonio Balestra, Santo Prunati, Gian Cristoforo Storer, Bernardo Luca Sanz, Paolo Zimengoli e opere scultoree del Fantoni, del Caniana, del Marengo, dello Schmidel.

Gli splendidi confessionali realizzati dalle botteghe dei Fantoni e dei Caniana, il secentesco pulpito in alabastro e le vetrate su disegno dell’architetto V. Muzio completano l’apparato artistico di questo grandioso edificio che rivaleggia per bellezza, ricchezza e dimensione con numerose chiese cattedrali. La seconda domenica di quaresima la Basilica viene arredata con lo splendido apparato del Triduo dei morti sul quale trionfa la grande raggiera intagliata da G. B. Caniana che merita da sola una visita a Gandino.