La primitiva chiesa, fondata contemporaneamente al Borgo nella seconda metà del secolo XII, demolita e ricostruita più ampia nel 1363 a partire dal 1714 fu quasi del tutto trasformata su progetto dell’architetto romanese Giovan Battista Caniana (autore anche del paliotto d’altare in legno intarsiato).

I lavori proseguirono fino al 1762 e furono ripresi pochi anni più tardi, per un ulteriore allungamento, fino all’attuale facciata.

Numerosi sono gli architetti che hanno operato per il completamento dell’unica navata tra cui: Giacomo Quarenghi, Francesco Caniana, Simone Elia e Giacomo Bianconi.

Alla chiesa sono annesse due sagrestie: quella antica ad un unico salone realizzata nel 1622 su progetto di Hieronimo Rossi Polissena, caratterizzata da slanciati mensoloni bianchi; quella nuova, adiacente alla prima, è stata edificata nel 1788 su progetto di Giacomo Caniana.

Sopra la sagrestia antica si trova una sala identica già sede dell’Oratorio del SS. Sacramento, ora dedicata a Mons. M. Alberti ed utilizzata quale terza sede del complesso museale.

Per la decorazione della Chiesa lavorò un folto numero di artisti.

Sono da ricordare le opere di alcuni pittori: La Madonna del Suffragio di Francesco Capella (1711- 1784), L’Immacolata di Palma il Giovane (1544-1628), L’Annunciata, S. Biagio e S. Giuseppe di Mauro Picenardi (1734-1804) e L’Ultima Cena di Giovan Battista Moroni (1520-1578).